一、受理對象及病材
受理本縣動物所有人或管理人、動物防疫人員及執業獸醫師(佐)送驗患病動物、未產生死後變化動物屍體或動物病材(血液、糞便、拭子)檢驗。
二、病歷問取
詳細詢問畜主關於動物的基本資料，包括：動物品種、年齡、臨床症狀、飼養總數、發病率、死亡率、疫苗注射、藥物治療情形、飼料廠牌、防疫情形 … 等， 填具於病例紀錄表（下載表單.doc、下載表單.odt）
三、解剖檢查
先檢查罹病動物外觀，例如：口腔黏膜及體表顏色、有無創傷、體表寄生蟲、下痢、扭頸、四肢呈滑水狀運動等神經症狀，之後將其異狀拍照或動作攝影，接著將活的罹病動物予以電昏和放血，將動物搬移至解剖台上，進行解剖。在解剖過程中，若發現內臟有病變時，拍照留存，且須分別進行寄生蟲檢驗、細菌分離、組織病理完全採樣及病毒分離。
四、寄生蟲檢驗
- 寄生蟲蟲體檢查：感染病變部位皮膚，包括痂皮、表皮、真皮及毛根與其滲出物刮取置於載玻片，混合1-2滴KOH，或鰓絲或寄生蟲蟲體蓋玻片直接低倍鏡檢。
- 寄生蟲卵檢查：將腸道糞便採檢以試管取飽和生理食鹽水浸泡並震盪，進行溶解糞便，靜置數分鐘後以吸管取上部懸浮液，滴數滴懸浮液於玻片上，以顯微鏡在暗視野下觀察檢驗蟲卵。
五、細菌分離鑑定及藥物敏感性試驗
無菌操作，畜禽病材細菌先以MacConkey瓊脂培養基及血液瓊脂培養基釣菌，水產動物病材細菌先以TSA瓊脂培養基及血液瓊脂培養基釣菌，之後將瓊脂培養基置於37℃培養箱中培養24小時。隔天，釣菌於血液瓊脂培養基上再行純化一次，之後將瓊脂培養基置於37℃培養箱中培養24小時。觀察細菌菌落型態，然後刮取適量菌落置於玻片上與蒸餾水混合均勻，自然風乾，之後以火焰固定，行革蘭氏染色，完成後以油鏡置於顯微鏡下1000倍，觀察細菌的染色性及型態，而區分為革蘭氏陽性菌或陰性菌、桿菌或球菌。以快速診斷套組API進行細菌鑑定。刮取已純化之少量菌落置於含蒸餾水試管中震盪，調整菌液濃度至McFarland no. 0.5，以滅菌之棉花棒沾取菌液，在MH瓊脂培養基上塗抹，再貼上藥物敏感性試驗之藥片，置於37℃培養箱中培養16-18小時後，量藥片之抑制圈大小(MIC)。
六、組織病理採樣
組織病理採樣，為避免遺漏某些肉眼不易或不能察覺之病變，一般須進行例行性完全採樣。採樣檢體為避免固定不全，其厚度不宜太厚，切成 2立方公分左右，之後將其置於10%中性福馬林中固定24小時，隔天修取組織，然後放置於脫水包埋用之包埋盒中，在包埋盒上以鉛筆註明病歷編號。全部修完後，再將欲脫水之包埋盒放入脫水機中，約16小時後再將包埋盒分別取出，進行包埋。之後進行製做組織病理切片，一般切片機細切厚度為3μm，切出來之完整組織置入冷水中，將皺摺一一展平，之後以玻片撈取組織片，再置於40℃熱水中展片，然後將玻片烘乾。待玻片完全乾燥後先以H&E染色，必要時再另行其它特殊染色，再以封片膠封片，最後觀察組織病理切片進行診斷。
七、病毒分離
在組織病理採樣時，將可疑病材另外採取一份樣品，置於-20℃冰箱中保存，以後送至淡水家畜衛生試驗所或動物疾病診斷中心協助進行病毒分離。
八、病歷問取
解剖後先將初步診斷電話告知畜主（約需3個工作天），並通知本所及所轄公所防疫人員進行必要防疫處置，藥物敏感性試驗結果通知畜主（約需7個工作天），病毒性疾病後送家畜衛生試驗所及動物疾病診斷中心結果通知畜主(時程視檢驗單位而定，估計需約25-30個工作天)，最後將確診結果通報防疫單位及上傳動植物防疫檢疫局疫情通報系統，如畜主需書面報告，可填具申請書 （下載表單.doc、下載表單.odt）