本縣草食動物種類有乳牛、乳羊、肉牛、肉羊、鹿、馬等，合計約110戶，計5,400頭。
- 辦理乳牛、乳羊、鹿結核病、布氏桿菌病檢驗，並將經檢驗判定呈陽性反應患畜 依法執行撲（宰）殺，以杜絕病原蔓延。
- 加強乳牛、羊結核病污染牧場乳牛、羊移動管制，避免病原散佈。
- 加強牛、羊、鹿衛生保健教育工作，宣導自衛防疫觀念。
- 加強口蹄疫防疫宣導工作，並辦理口蹄疫疫情監控工作，以防範疾病爆發。
- 輔導酪農自行實施C.M.T檢測，以早期發現乳炎。
- 辦理乳牛、羊結核病，布氏桿菌病檢驗，依照行政院農業委員會公告「牛隻牛結核病檢驗方法」、「羊隻牛結核病檢驗方法」、「牛布氏桿菌病及羊布氏桿菌病檢驗方法」辦理。
- 辦理鹿結核病檢驗：由養鹿場之所有人或管理人填寫鹿結核病檢驗申請書，向鄉鎮（市）公所或動物防疫所申請檢驗，防 疫所接獲申請後擬定日期通知申請人請其於檢驗時固定鹿隻供驗，依照「鹿隻牛結核病檢驗方法」辦理。
- 依規定完成檢驗之畜牧場核發檢驗證明書。
- 辦理牛、羊、鹿自衛防疫宣導講習班。
- 加強協助草食動物養畜戶辦理口蹄疫防疫工作，並採血作口蹄疫等重要疾病之血清學監控。
- 充實病性鑑定及防疫設備以提高農民高品質服務。
辦理乳牛、乳羊、鹿結核病、布氏桿菌病等疾病檢驗，可檢除患畜並將患畜依法執行撲（宰）殺，減少病原蔓延，保障公共衛生安全，另監視草食動物口蹄疫等重要傳染病及加強口蹄疫疫苗注射確保畜牧生產安全。