花蓮縣轄區內共十三鄉（市）鎮，養殖型態多以淡水養殖為主，海水養殖則於豐濱鄉養殖九孔外，其他則以內陸釣魚池飼養之石斑魚為主。淡水養殖魚種以吳郭魚為大宗，其次為草魚、鯉魚、鰱魚，冷水性魚種則以香魚為大宗，苦花、溪哥次之，養殖地區多集中於壽豐、玉里一帶。
- 辦理水產動物養殖業者之養殖衛生教育訓練，並提供魚病檢診服務，以有效預防魚病發生。
- 對發生重大疫情傳染病之養殖場，輔導業者進行清池、消毒防疫及停養計畫，以輔導業者有效控制疫情，防止疾病蔓延。
- 對轄內水產動物養殖戶飼養狀況辦理養殖衛生教育訓練並定期提供魚病推廣教材。
- 每年定期舉辦動物衛生講習培育公務獸醫對水產動物疾病檢診之知識及技術，得視業務需要派員赴區域魚病中心學習。
- 接獲疑似傳染病病例報告時，將立即前往採樣進行病性鑑定，經確定為傳染病時，應提供防疫輔導採取必要措施並加強消毒。
- 將水產病例依照疫情通報系統確實填報疫情及病性鑑定資料，強化水產動物疫情調查監測網路系統，有效掌握疫情 。
- 建立魚病診療服務網，與魚病中心專家學者深入探討，並加強地方重要水產動物疾病調查研究，建立本縣魚病教材及資訊。
- 強化水產動物防疫體系，充實相關檢驗設備，可提供水產動物檢診及防疫服務，保護養殖戶生產及增進消費者健康。
- 培育水產動物專業獸醫，加強各項水產動物疾病調查研究及宣導養殖防疫觀念，可落實水產動物防疫工作。