台灣光復後本省家畜禽瘟疫猖獗，畜牧事業無安全保障，因之農村經濟蒙受重大損失，有鑑於繁榮農村經濟，必先發展畜牧事業，而發展畜牧事業必先加強家畜防疫工作。
| 民國四十二年 |
設立「花蓮縣家畜疾病診斷所」:工作人員由縣政府畜產人員兼任 。 |
| 民國四十六年 |
成立「家畜防疫隊」：僱用臨時家畜防疫人員十四人，辦理豬瘟預防注射防治工作 ，並應用兔化豬瘟疫苗全面實施豬瘟預防注射工作。 |
| 民國五十五年 |
修正「家畜防疫隊」規程準則：為「台灣省縣市家畜疾病防所組織規程」後，於，設所長一人，並將原僱用家畜防疫人員納入正式編制。 |
| 民國五十六年 |
更名為「花蓮縣家畜疾病防治所」：台灣省政府有鑑於全省有設置專責機構必要，頒佈「台灣省家畜疾病防治所組織規程準則」成立為縣政府所屬機關 。 |
| 民國六十三年 |
奉准分股辦事：股長由資深技士兼任 。 |
| 民國七十六年 |
奉准設專任股長：分第一股、第二股及第三股 。 |
| 民國九十年 |
十二月更名為「花蓮縣動物防疫所」：依據「花蓮縣政府組織自治條例，各股更名為保護股、鑑定股及防疫股，並增設技正一職 。 |
| 民國九十三年 |
十二月三十一日 改制為「花蓮縣動植物防疫所」：為因應業務需要，增設植物防疫股，各股更名為動植物保護股、動植物鑑定股、動物防疫股及植物防疫股。 |
| 民國一一○年 |
十二月一十四日花蓮縣鳳林鎮狗貓躍動園區落成啟用 |