為防治動植物疫病、執行動植物保護，並提高畜產品衛生，以維護國民健康，依據花蓮縣政府自治條例第九條規定設置花蓮縣動植物防疫所，本所掌理下列事項：
- 動植物傳染病之預防、防疫、檢診、調查、研究、處理及其進口追蹤檢疫事項。
- 有關動植物流行病學之調查、研究及處理。
- 人畜共通傳染病之預防、防疫、監控及處理。
- 動植物用藥品製造、供銷之管理，違規抽查、品質抽驗及處理。
- 獸醫師（佐）執行技術業務之監督、獸醫之訓練及其他有關獸醫業務事項。
- 稽查、取締違反動植物保護法之有關事項及教育、宣導。
- 動植物收容處所之管理事項。
- 其他植物防疫及保護等業務。
- 本所置所長一人，承縣長之命，兼受縣政府農業發展處之指導、監督，綜理所務，並 指揮、監督所屬員工。
- 本所設動物防疫股、動植物鑑定股、動植物保護股及植物防疫股，各股置股長一人。
- 本所置技正、技士、技佐、辦事員及書記。前項辦理動物防疫業務均由領有獸醫師證書者擔任。
- 本所置會計員，由縣政府派員兼任，依法辦理歲計、會計，並兼辦統計事項。
- 本所置人事管理員，由縣政府派員兼任，依法辦理人事管理業務。
